Enligt Ayrault är övertagandet oacceptabelt och strider mot europeiska värden.
– Man kan inte vilja närma sig europeiska normer och samtidigt inte respektera pressfriheten, säger han.
Samtidigt uppgav på måndagen Zamans tyska chefredaktör att en oppositionell dagstidning i fortsättningen ska ges ut i Tyskland – Zaman Almanya.
– Från och med i dag trycker vi en upplaga av Zaman som inte har något att göra med den tidning som ges ut i Turkiet eftersom den tagits över av staten, säger Sueleyman Bag till Reuters.
Zaman har band till president Recep Tayyip Erdogans ärkerival, imamen Fethullah Gülen. Ankara anklagar Gülen för att vilja störta regeringen och domstolsordern att tvångsförvalta tidningen rättfärdigades med att Zaman gett stöd till Gülens ”terrororganisation”.
Den turkiska regeringens nedslag på oppositionella medier skapar huvudvärk för EU:s stats- och regeringschefer som träffar den tilltänkta partnern Turkiet i ett möte om flyktingkrisen under måndagen. Tysklands förbundskansler Angela Merkel ska ha diskuterat pressfrihet med premiärminister Ahmet Davutoglu i söndags.