Arbetet med att återställa samlingarna har pågått en tid, men återöppnandet skyndades på som ett svar på extrema jihadistgruppen IS förstörelse av kulturskatter på ett museum i Mosul i norra Irak.
En film, som IS publicerade på nätet, visar hur männen demolerar statyer och andra konstföremål med släggor och borrar.
– Vi har förberett för att öppna museet de senaste månaderna, men händelserna i Mosul fick oss att påskynda arbetet. Vi vill inte att den 26 februari ska bli en sorgens dag. Att vi åter öppnar här visar att vi vill att Mosul-museet ska återställas, säger ställföreträdande turistminister Qais Hussein Rashid.
En tredjedel åter
Arkeologer befarar att jihadisterna också kommer att förstöra andra kulturskatter i områden som de behärskar, till exempel ruinstäderna Nimrud och Hatra, den senare på FN-organet Unecsos lista över hotade världsarv.
Nationalmuseet i Bagdad plundrades i kaoset efter det att diktatorn Saddam Hussein störtas 2003. Omkring 15 000 föremål försvann, varav omkring 4.300 har återfunnits.
– Vi fortsätter att spåra föremål som saknas på marknader och auktioner, säger Qais Hussein Rashid.
Inträde: En dollar
Plundringen har jämförts med det som hände 1258, då mongoler under Djingis khan skövlade Bagdads bibliotek. Museet ansågs härbärgera en av världens främsta arkeologiska samlingar, bland annat mesopotamiska föremål, de äldsta 100.000 år gamla.
Dignitärer och högt uppsatta tjänstemän har kunnat besöka museet sedan 2009. För irakier kostar inträdesbiljetten nu motsvarande en dollar, för araber tio dollar och för andra utlänningar tjugo dollar.
”Vi kommer att bevara civilisationen och spåra upp dem som vill förstöra den”, sade Iraks premiärminister Haider al-Abadi vid återöppningen.