Bekjanovs dotter Aygul Bekjan, som är bosatt i USA, skrev på Facebook att hon är lycklig över att hennes far har släppts men arg för att han förlorat 18 år av sitt liv för ingenting.
Bekjanov gav ut en känd oppositionstidning i Uzbekistan tills han greps 1999. Han anklagades för att ha koppling till en rad bombdåd.
2013 tilldelades han Reportrar utan gränsers frihetspris.
Total mediekontroll
Uzbekistan har en av de mest repressiva regimerna i Centralasien men har frigett flera politiska fångar sedan Sjavkat Mirzijojev blev president. Han efterträdde Islam Karimov, som avled förra året efter att ha styrt landet med järnhand sedan Sovjetunionen upplöstes 1991.
Mirzijojev har visat tecken på att vilja öppna landets politiska system en aning, men en övergång till demokrati är föga trolig.
Enligt Reportrar utan gränser nöjer sig myndigheterna inte med att ha total kontroll över traditionella medier. De har på senare år skaffat sig bättre verktyg för att censurera internet och ökat påtryckningarna på landets få oberoende journalister.