Bakom problemen ligger en trasig växel vid Stockholm Södra, som upptäcktes under natten.
Trafikverket varnar för förseningar, inställda tåg och linjer som får ledas om. Fjärrtåg mellan Stockholm och Göteborg, Malmö, Karlstad, Hallsberg och en mängd andra städer påverkas.
Verket tror att växeln kan vara lagad först framåt 14-tiden på eftermiddagen.