Att skeppet dykt upp i dagarna beror på ovanligt lågt vattenstånd i Saltsjön.
Ett annat vrak kan också beskådas utanför ön, men det sågs redan på 1940-talet när vattenståndet var nästan lika lågt.
Forskare gissar att de båda skeppen kan vara danska, Grå ulven och Den stora draken. Experter på Sjöhistoriska museet ska konsultera kolleger i Danmark för att försöka reda ut frågan. Träprover ska tas för att slå fast var virket till vraken kommer från och när träden som använts växt.
Andreas Olsson, chef för museets arkeologienhet, är inte säker på att det är de danska skeppen.
– Men vet att de vraken ska vara sänkta i området, säger han till tidningen.