Enligt häktningsframställan ska våldtäkten ha begåtts någon gång under april 2013 och mannen häktades under fredagen av Eksjö tingsrätt.
Petra Schöniger, extraåklagare, uppger att det nu framkommit uppgifter som lett till att mannen greps. Han begärdes anhållen i början av veckan.
– Det rör sig om ett barn, säger hon.
Vad har mannen för relation till barnet?
– Jag kan inte kommentera det i nuläget.
Enligt Petra Schöniger förnekar mannen brott. I övrigt vill hon inte kommentera vad som framkommit i utredningen.