Larmet kom klockan 6:56 på fredagsmorgonen. Kollisionen ägde rum vid Prästbergavägen i Lomma, norr om Malmö.
– En bilist har fått motorstopp i plankorsningen men hann kliva ut ur bilen och blev inte skadad, säger Mats Streer, inre befäl vid räddningstjänsten Syd.
Tåget körde på bilen men spårade inte ur.
– Bommen verkar ha slagit i taket, säger Mats Streer.
Bilder från olycksplatsen visar att en av järnvägsbommarna nu ligger på marken.
– Bilföraren la in en friväxel för att putta och då kom tåget. Tåget var tomt på passagerare, säger Christer Palmgren, räddningstjänsten Lomma.
Olyckan försenar kollektivtrafiken, eftersom bussarna inte kan köra över järnvägsspåret i Lomma när bommarna är nere.
Ingen person ska ha kommit till fysisk skada men lokföraren är förd till sjukhus.
– Det är framför allt godstrafiken som kommer att påverkas av olyckan, säger Pär Aronsson, presskommunikatör på Trafikverket.