Mannen, som är i 20-årsåldern, var på fredagen ute med några vänner i båt i Lannafallasjön, mellan Nässjö och Malmbäck, då han föll i vattnet och försvann.
Först på måndagseftermiddagen hittades kroppen med hjälp av polisens specialtränade hundar. Under fredagen och helgen söktes sjön av av dykare.
– Vi har inte kunnat hitta honom, hundarna går på dofter och är väldigt exakta, säger Bo Gunnarsson, vakthavande befäl på Jönköpingspolisen.
Mannen bodde på Migrationsverkets anläggning i Viebäck.