Enligt polisen var det omkring 01.00 på natten mot fredag som, den för kvinnan okända, mannen ska ha tagit sig in i en lägenhet i centrala Alvesta.
Väl inne i lägenheten började mannen onanera. När kvinnan som är i 50-årsåldern upptäckte honom så försvann han snabbt från platsen.
En anmälan är nu inlämnad om hemfridsbrott och sexuellt ofredande.