Majoriteten av flighterna, 20 stycken, ställs in under tisdagen, enligt Swedavia. Det handlar om flygningar till och från Tyskland, framför allt Frankfurt.
Berörda svenska flygplatser är Arlanda och Landvetter. Lufthansas lågprisbolag German Wings, som flyger på Landvetter, berörs inte av strejken.
Runt 1.450 flygningar sammanlagt ställs in. Både korta och mellanlånga flyg från och i Tyskland påverkas, men längre flygningar berörs inte av strejken, enligt Christian Gottschalk, talesperson för Lufthansa.
Konflikten handlar om piloternas pensionsvillkor. Strejken pågår till strax före midnatt på tisdagen.