Det nya tillståndet kommer att begränsa flygplatsens utvecklingsmöjligheter, anser Swedavia.
Swedavias överklagan gäller tio av totalt 36 villkor i det nya tillståndet.
Bland annat överklagas beslutet om så kallad kurvad inflygning till bana 3. Tekniken finns framtagen men kan än så länge bara användas av enstaka flygplan vid mycket låg trafik och är alltså inte praktisk tillämpbar när en start eller landning sker varje minut, skriver Swedavia.