Villaägaren tog sig ner på nedervåningen och lyckades skrämma i väg förövaren.
Polisen larmades till platsen strax efter midnatt under natten mot lördagen. Efter att ha använt hund för att spåra träffade polisen på en man i 18-årsåldern, som greps.
Enligt polisen kan det ha varit flera gärningsmän som tog sig in i villan.
Ytterligare en gripen
Tidigare på fredagen larmades polisen till ett inbrott i en villa i Heby. Villans ägare var bortrest men hade fått ett larm på sin telefon om en person rörde sig i huset. Polisen kom till platsen vid 21:20-tiden på kvällen. Inne i huset kunde de gripa en man i 18-årsåldern.
– De fick leta rätt på honom för att han hade gömt sig därinne, säger Ivan Åslund, RLC-befäl vid Uppsalapolisen.
Mannen är misstänkt för stöld genom inbrott.