Kungen, premiärminister och andra dignitärer hedrade kistorna med kvarlevorna vid en ceremoni på Kuala Lumpurs flygplats.
Flaggorna hade halats på halv stång och en nationell sorgedag hade utlysts.
Alla 298 ombord dog i kraschen den 17 juli. Väst har anklagat ukrainska separatister för att ha skjutit ner planet.