Landets flygvapenchef Agus Supriatna säger att det faktum att planet svängde åt höger direkt efter start och flög i en lägre hastighet än normalt tyder på att en motor kan ha stannat.
Strax innan kraschen träffade Herkulesplanet en 35 meter hög radioantenn, något som troligen påverkade planet.
Flygvapnet förnekar att planet var överlastat. Det fanns 122 personer ombord, många fler än vad som först rapporterades. Anklagelser har förts fram om att betalande civila fanns ombord, något som är ett brott mot reglerna för militära flygplan.
Sökandet efter kroppar slutade i onsdags. Minst 141 människor omkom i olyckan.