Männen, som kommer från Norge, är bröder. Den broder som sköt lyckades efter olyckan ta till ett område med mobiltäckning och larmade polis och räddningstjänst.
Den skadade jägaren har nu förts till sjukhuset i Tromsö. Han skador är inte livshotande.
Brodern är nu misstänkt för vållande till kroppsskada. han har fått åka helikopter till Abisko för att han ska slippa vara ensam kvar på fjället.
Olyckan skedde vid Vuozejavri söder om Abisko.