Det var under måndagen som två fiskare gav sig iväg till sjön Tjaktjajaure och de anmäldes saknade under onsdagen.
En sökinsats inleddes och från en helikopter upptäcktes både mannens kropp och båten.
Polisen hade vid 18-tiden inte identifierat den döde.
-Anhöriga är underrättade om fyndet. Men vem den avlidne är vet vi inte, säger vakthavande polisbefälet Catrin Hedqvist om kroppen som hittats.
Sökandet kommer att utökas på torsdagsmorgonen med dykare från Försvarsmakten, på grund av att mörkret föll kunde man inte sätta igång under onsdagen.
Männen ska vara hemmahörande i Norrbotten.