Övergreppen ska enligt åklagaren ha skett i oktober och i förra veckan. Åklagaren är tyslåten kring fallet.
– Jag tänker inte kommentera vad som sagts i förhören. Men jag har behärt honom häktad på den lägre misstankegraden, säger Johan Nilsson till SVT Sydnytt på lördagen.
Flickan ska vara sex år gammal. Den misstänkte mannen anhölls i sin frånvaro redan i onsdags eftermiddag och greps efter ett par timmar.
– Det är djupt tragiskt och vi arbetar med att erbjuda stöd till den berörda familjen, vår personal och andra vårdnadshavare, sa Jan-Ola Olsson, utbildningschef i Malmö stad på fredagen.
21-åringen är fast anställd på förskolan i Malmö. Enligt uppgifter till SVT ska han dock neka till brottet.
– Det är möjligt att jag lämnar med information efter häktningsförhandlingarna, säger åklagaren Johan Nilsson till Sydnytt.