Domstolen bevakades av kraftigt beväpnad polis under förhandlingen, som hölls bakom stängda dörrar.
22-årige El-Hussein dödade två personer och skottskadade fem vid attackerna. Det första attentatet riktades mot ett möte där konstnären Lars Vilks deltog, det andra mot en synagoga. 22-åringen sköts till döds av polis när han skulle gripas.
De omhäktade männen, som är 19 och 22 år gamla, misstänks för att ha hjälpt El-Hussein att gömma undan vapnen och få ett gömställe efter angreppen.