Två ukrainska soldater, som sårats under stormningen, ska ha tagits i fångenskap och förts bort med en helikopter. Ytterliggare 80 soldater ska ha frihetsberövats på basen, uppger AP.
Flottbasen i Feodosia på sydöstra Krim har tidigare delvis tagits över av ryska styrkor.
Maktövertagandet på Krim har, rent militärt, skett nästan utan blodsutgjutelse. De enda dödsoffren hittills är en ukrainsk soldat och en pro-rysk milisman som sköts ihjäl tidigare i förra veckan av en misstänkt krypskytt i Simferopol. De begravdes i lördags vid en gemensam ceremoni.
Den ukrainska flottbasen i Feodosia var en av de få militäranläggningarna på Krim som fortfarande hissade den ukrainska flaggan. Ryska styrkor har nu övertagit samtliga ukrainska skepp och de flesta militärbaser på Krimhalvön.
Den ukrainske militärtalesmannen Vladislav Seleznjov sade till Reuters att ryska styrkor tvingade sig in på basen, bland annat med hjälp av helikoptrar.
Den ryske försvarsministern Sergej Sjojgu utnämnde i dag Ukrainas förre marinchef konteramiral Denis Berezovskyj till biträdande chef för den ryska svartahavsflottan. Det rapporterar Interfax.
Berezovskyj hoppade i början av mars av från posten som Ukrainas marinchef i samband med att Ryssland inledde sitt övertagande av Krim.