En femtedel av Iraks omkring 10 000 världskända fornminnen är under IS kontroll och många har plundrats. Det är oklart vad som hänt på ”tusentals fler” platser, sade Bokova vid ett möte i London på torsdagen.
En del fornminnesplatser i Syrien har skövlats så svårt att de inte längre har något värde för arkeologer och historiker.
Unesco är också oroat över utvecklingen i Libyen.
Islamiska staten anser sig ha en religiös rätt att utradera allt som påminner om avgudadyrkan eller månggudadyrkan.