Explosionen inträffade i i Shirvan, cirka tio mil sydväst om huvudstaden Baku.
En talesperson för hälsodepartementet uppger att 20 personer har förts till ett lokalt sjukhus med varierande skador.
Fabriken förvaltas av landets försvarsdepartement, men vad som produceras framgår inte av regeringens hemsida.