Enligt vittnen flydde fångvaktarna under fritagningen, som inträffade sent på lördagskvällen.
Gruppen Ansaru, koppad till al-Qaida, och den extrema islamistsekten Boko Haram har tidigare utfört flera likande fritagningar, men det är inte fastslaget vilka som nu ligger bakom.
– Det är oklart om det här är Boko Haram eller några kriminella gäng. Jag tvivlar på att det var många av Boko Harams ledande misstänkta som hölls i Minna, säger en säkerhetskälla.