Olyckan inträffade 56 nautiska mil sydväst om Japans kust, vid 14.30 lokal tid.
Den japanska kustbevakningen bekräftar att de letar efter sju personer efter information de fått av den amerikanska flottan. Den har skickat fem båtar, två flygplan och specialtränad räddningspersonal till området, enligt en talesperson för kustbevakningen.
– Vi letar för närvarande efter de försvunna personerna, säger talespersonen.
Enligt den amerikanska flottan har minst tre personer skadats. De har evakuerats och förts till sjukhus med hjälp av den japanska kustbevakningen. Bland de skadade finns jagarens befälhavare, vars tillstånd uppges vara stabilt. De övriga två vårdas för lättare skador som skärsår och blåmärken.
”När vi får mer information kommer vi att dela den med familjerna till Fitzgeralds besättning. Våra tankar och vår oro finns med Fitzgeralds besättning och deras familjer”, skriver John Richardson, chef inom den amerikanske flottan, på Twitter.
Videomaterial från NHK visar stora skador på jagaren. Det ska vara skador både under och ovanför vattenlinjen.
Kustbevakningen bekräftar att jagaren tar in vatten på flera ställen men att det inte finns någon risk för att den ska sjunka. Vad som orsakade olyckan är oklart.
Den 154 meter långa jagaren USS Fitzgerald är baserad vid den amerikanska flottbasen Yokosuka, omkring fyra mil söder om Tokyo.