Choudary anklagas för att i föreläsningar som publicerats på nätet ha uppmanat folk att stödja den förbjudna extremiströrelsen.
Åtal väcks även mot en annan man, Mohammed Mizanur Rahman, enligt den särskilda antiterrorenheten vid statsåklagarämbetet.
Choudary är ledare för den numera förbjudna gruppen Islam 4 UK och är känd för att ha hyllat förövarna av terrordåden i USA den 11 september 2001.