Tre AU-soldater och en civil ska ha dödats i attacken, enligt AU:s styrka Amisom.
AU:s högkvarter, intill Mogadishus flygplats, är ett av Somalias mest välbevakade områden. I oktober tog styrkor från AU kontroll över hamnstaden Barawe som tagits över av al-Shabaab 2006. Staden var ekonomiskt viktig för rörelsen, som fortfarande kontrollerar stora landområden i mellersta och södra Somalia.