Premiärminister Charles Michel säger att hennes avskedsansökan accepterats, enligt public service-kanalen RTBF.
Ljög om hemlig rapport
Michel har tidigare försvarat henne och hävdat att transportministern inte känt till en EU-rapport som kritiserade säkerheten på Bryssels flygplats redan för ett år sedan, långt innan de dödliga bombdåden på flygplatsen Zaventem den 22 mars.
RTBF citerar en talesperson för Galants parti, mitten-partiet MR, som erkänner att transportministerns kansli visst kände till rapporten.
Vem som ska efterträda Jacqueline Galant är inte klart.
– Om det är något område jag alltid lagt stor vikt vid så är det säkerheten, sade Galant själv vid en presskonferens, och påstod sig ha blivit offer för ett mediedrev.
Nekat ökade anslag
Dagen innan avgick en hög tjänsteman inom den belgiska transportadministrationen, Laurent Ledoux. Han har kritiserat Jacqueline Galant för att ha nekat att ge ökade anslag till övervakning av säkerheten på flygplatser, skriver Independent.
Den avgående transportministern har dessutom kritiserats för att inte ha klarat av att hantera den vilda strejk som utbröt på Zaventum bara en vecka efter att flygplatsen öppnade åter efter terrordådet.
Brister i säkerheten
Den hemliga EU-rapporten avslöjades av oppositionen. Enligt rapporten var tillsynen av säkerheten vid landets flygplatser bristfällig, och i den citeras allvarliga brister i hur säkerhetskontroller hanteras, skriver AP.
Jacqueline Galant är den första minister som avgår till följd av terrordåden i Bryssel.
16 personer dog i attacken på Bryssels flygplats, som utfördes av självmordsbombare. Ytterligare 16 dog i en attack i tunnelbanan i Bryssel.