Tåget, som på tisdagen var på väg till Köpenhamn från Hamburg, stoppades kort efter avgång vid Lübeck. Enligt uppgifter ska konduktören ha larmat om att ett stort antal flyktingar fanns ombord.
Vägrade föras till flyktingmottagning
Flyktingarna, omkring 250 personer varav de flesta från Syrien och Irak, vägrade låta sig föras till en flyktingmottagning i Tyskland, vilket myndigheterna krävde.
– Vi har släktingar i Sverige. Varför låter man oss inte fortsätta, sade en av flyktingarna till tidningen Lübecker Nachrichten.
På stationen i Lübeck inledde flyktingarna en sittstrejk som varade i drygt tio timmar innan de tyska myndigheterna lät tåget köra vidare mot Danmark. Strax före midnatt natten mot onsdag anlände tåget med färja i Rödby, Danmark. Färjan hade enligt danska TV2 då cirkulerat i cirka 2,5 timmar innan den lade till i hamnen.
Tåget bevakas
På plats väntade polisen som ville få flyktingarna att gå ombord bussar där de skulle transporteras till den skola som under de senaste dagarna fungerat som ett flyktingcenter.
Först efter drygt tre timmar lyckades polisen få en del av flyktingarna att gå ombord på bussarna. Men fortfarande nu på onsdagsmorgonen sitter mellan 80 till 100 av flyktingarna kvar på tåget vid tågperrongen i Rödbyhamn. Perrongen har spärrats av och vaktas av poliser.
– Det är naturligtvis tillåtet att stanna på tåget. Det finns kvinnor och barn på tåget, så vi har lagt en avgörande vikt på att dialog är vägen framåt för den här gruppen, säger polisen till TV2.
Människor som bor i närheten och passerar platsen säger till SVT Nyheter att situationen är obehaglig.
– Det är förfärligt. Det är klart att de måste tas emot och registreras, men vi borde hjälpa dem här eller låta dem åka till sina familjer i andra länder, säger en närboende.
Löfven: Inget specialavtal
Under tisdagen gjorde statsminister Stefan Löfven klart att Sverige inte kommer att sluta något avtal med Danmark om att ta emot flyktingar som tagit sig till landet, men som egentligen vill till Sverige.
– Det är klart att det land man kommer till, det är där man ska registreras, sade Löfven till Ekot.
Löfven förnekade samtidigt uppgifterna om att den danska regeringen tagit kontakt med den svenska om en sådan uppgörelse.