Kropparna fördes i metallkistor över gränsen till Kosovo, där ett hundratal personer med flaggor samlats för att hedra männen.
Sammandrabbningarna mellan polis och den väpnade gruppen krävde 18 människoliv och beskrivs som den värsta i Makedonien sedan 2001. 30 personer har gripits av makedonska myndigheter misstänkta för terrorism.
Veteraner från den numera avväpnade Kosovos befrielsearmé säger att de döda ingick i deras grupp. Gruppen stred mot Slobodan Milosevic, Serbiens förre president, under krigen på Balkan under 90-talet.