Nära 5.000 obeväpnade civila hade sökt skydd på basen i staden Bor när den överfölls i torsdags. Angriparna tog sig in i lägret genom att låtsas vara fredliga demonstranter, skriver Reuters. Bland de döda finns flera barn.
På andra baser i området finns uppemot 60.000 civila som försökt undkomma strider mellan regeringsstyrkor som är trogna president Salva Kiir och rebeller som är mer löst kopplade till förre vicepresidenten Riek Machar.
FN-styrkan Unmiss sade att FN-soldaterna i Bor blivit inblandade i en eldstrid innan angriparna drog sig tillbaka.
I Sydsudan har ungefär en miljon människor tvingats att fly från sina hem sedan mitten av december, när våldsamheterna bröt ut. Många hankar sig fram på ”svältföda” – gräs, löv och liknande – uppger FN-organet Unicef, som varnar för att läget förvärras.