Polisbefälet Mohamed Hussein säger att explosionen inträffade på en gata när polisen höll på att bogsera bort fordonet efter att det väckt misstankar. Ett hotell i närheten var uppenbarligen målet, säger han.
Explosionen inträffade i Hodan-området där många regeringskontor, hotell, restauranger och affärer ligger.
Ingen grupp har tagit på sig händelsen.
Tidigare under dagen kom rapporter om att den terrorstämplade gruppen al-Shabaab intagit staden Bariire omkring fem mil från Mogadishu. Det är oklart om de båda händelserna är kopplade till varandra.