Armén har satts in och de boende uppmanas att lämna de översvämmade städerna.
– Alla som befinner sig i en riskzon i Atacama bör evakueras. Det är viktigt för oss att ni sätter er i säkerhet, säger inrikesminister Rodrigo Penailillo.
Hundratals personer har tvingats från sina hem, tusentals människor är strömlösa och många saknar tillgång till dricksvatten. Ovädret har också tvingat världens största kopparproducent Codelco att stoppa verksamheten i området.
Enligt landets vädertjänst har det kommer tio gånger så mycket regn som området normalt får på ett år.