Zeid Ra'ad al-Hussein säger att han har skickat personal för att dokumentera områden längs de stora migrantionsrutterna i Medelhavet och på Balkan.
De har enligt honom observerat att migranter i allt högre grad spärras in i Europa, inte minst i Grekland och Italien.
– Även barn utan medföljande vuxna placeras ofta i fängelseceller eller taggtrådsomgärdade center, säger han och tillägger att inspärrning aldrig är till barnens bästa.
Han uppmanar EU att samla information om inspärrade migranter i medlemsländerna.