De anklagas för att inte ha vidtagit tillräckliga åtgärder för att säkra kärnkraftverket mot en tsunami.
Bland de åtalade finns energibolaget Tepcos tidigare styrelseordförande Tsunehisa Katsumata.
Åtalet kommer efter stora påtryckningar på åklagarna som två gånger tidigare har lagt ned brottsmisstankarna mot männen. De åtalade menar att de inte är skyldiga och att ingen kunde förutse storleken på den massiva tsunami som slog in mot landets östkust 2011.
Den kraftiga jordbävningen ledde till partiella härdsmältor vid tre av de sex reaktorerna vid kärnkraftverket Fukushima. Många tvingades lämna området för att undkomma strålning och flera dödsfall kopplas till katastrofen.