Juncker vill bland annat att EU-länder inte skickar flyktingar mellan sig utan att ha nått en överenskommelse om det i förväg.
Inför mötet träffades ledarna för Bulgarien, Rumänien och Serbien för att mejsla ut en gemensam ståndpunkt. De hotar att stänga sina gränser, om Tyskland och Österrike gör det.
Hotar stänga gränser
– Vi kommer att vara redo att stänga gränserna. Vi kommer inte att utsätta våra länder för det förödande trycket från miljoner som skulle anlända, sade Bulgariens premiärminister Boiko Borisov.
Situationen för flyktingarna har förvärrats sedan Ungern stängt sin gräns till Serbien och Kroatien.
Beslut om kortsiktigta åtgärder
Tysklands förbundskansler Angela Merkel har varit pådrivande för att få till stånd söndagens möte. De deltagande länderna är – förutom Tyskland – Bulgarien, Grekland, Kroatien, Rumänien, Slovenien, Ungern och Österrike.
Enligt Juncker ska de diskutera trängande behov av gemensamma operativa åtgärder som den nuvarande humanitära krisen kräver och fatta beslut om kortsiktiga åtgärder.