Under den 73 dagar långa insatsens slutstrider befriades 2.000 civila som i slutskedet hade använts som mänskliga sköldar.
De allierade styrkorna hade fördrivit de flesta IS-anhängare från staden redan under förra veckan, men de sista gav upp först på fredagen. Under flykten ska de ha använt civilbefolkningen som mänskliga sköldar vilket försvårade för styrkorna att attackera dem.
Lämnade i 500 bilar
Enligt brittiskbaserade Syriska människorättsobservatoriet (SOHR) lämnade de sista IS-anhängarna staden i omkring 500 bilar tillsammans med civila som troligen fördes till den IS-kontrollerade staden Jarablus norr om Manbij, dit IS-anhängarna tros ha flytt.
IS ska ha ignorerat militärens försök att förhandla fram en vapenvila för att låta IS-anhängarna lämna platsen i utbyte mot de sista civila de höll fångna.
Terrornätverket har tidigare kidnappat eller hållit gisslan hundratals civila som använts i strider. De allra flesta har sedan släppts.
Under IS-kontroll i två år
På bilder från den befriade staden kan man se män klippa av sig sina skägg och kvinnor bränna niqabs.
Manbij har varit under IS-kontroll i två år och är strategiskt viktig på grund av sina förbindelser till Syriens näst största stad Aleppo och IS så kallade huvudstad Raqqa, vilket har gjort det möjligt för IS att förflytta anhängare och vapen. Omkring 80.000 av stadens invånare är på flykt.
En talesperson från SDF säger enligt BBC att befrielsen av Manbij innebär att IS flöde av frivilliga från Europa nu har stoppats.
– Efter befrielsen kan IS-medlemmar inte längre resa fritt till och från Europa, säger kurdiske ledaren Salih Muslim.
300.000 döda i kriget
Enligt SOHR har 437 civila dött i striderna om Manbij, över 100 av dem barn. Även nära 300 soldater i alliansen har mist livet och strax över 1.000 IS-anhängare.
Det pågår fortfarande ett arbete för att få bort minor och andra utplacerade sprängämnen i Manbij.
Sedan maj har SDF återtagit omkring 1.000 kvadratkilometer av IS-kontrollerat territorium, uppger Pentagon, som säger att USA-ledda attacker förstört 50 av IS tunga vapen samt 600 befästningsverk.
Nära 300.000 människor har dött i kriget i Syrien.