En tjänsteman på japanska ambassaden i Peking säger till AFP att fallet har kopplingar till narkotika, men gav inga ytterligare detaljer.
Det är den femte japanska medborgaren som avrättas i Kina sedan andra världskriget. 2010 avrättades fyra japanska knarksmugglare.
Det är fortfarande frostigt mellan länderna ända sedan andra världskriget, och konflikten om några öar i Östkinesiska havet fortsätter att kyla ned relationerna.