Ovädret drog in över land i Tateyama, omkring åtta mil sydost om Tokyo, på måndagen med skyfall och vindbyar på omkring 40 meter per sekund och över 50 m/s i vindbyarna.
Tiotusentals flygresenärer berördes när över 500 avgångar ställdes in, främst från flygplatserna Narita och Haneda, rapporterar japanska medier. Även störningar i tågtrafiken rapporteras.
Första orkanen på elva år
Den japanska public service-kanalen NHK visade bilder på människor som vadade i lårhögt vatten.
På flera ställen rapporteras om nederbörd på 100 mm regn på bara en timme.
Det var första gången på elva år som en orkan rört sig över den kraftigt befolkade huvudstadsregionen.
Ovädret fortsatte norrut med försvagade vindar. Landets vädermyndighet varnar för översvämningar, höga vågor och jordskred i orkanens spår.