Det bulgariska beslutet togs i slutet av förra veckan efter amerikanska uttalanden om att Ryssland ökar sitt militära stöd till Syriens president Bashar al-Assad.
– Planen sades innehålla humanitär hjälp, men vi hade information som vi hade all orsak att lita på, säger det bulgariska utrikesdepartementets talesperson Betina Zhoteva.
Hon säger att det var ett självständigt beslut utan påtryckningar från Natopartner.
USA bad i måndags Grekland, liksom Bulgarien Natomedlem, att förbjuda ryska flygtransporter till Syrien över dess territorium. Ryssland har bett Grekland att få göra två överflygningar från den 1 till 24 september. Grekland har inte tagit ställning till förfrågan.
– Vi redogör för vart våra plan ska flyga, i vilket syfte och vad lasten består av, säger den biträdande ryske utrikesministern Michail Bogdanov till nyhetsbyrån Interfax.
– Om någon – i det här fallet våra grekiska och bulgariska partner – hyser några tvivel, så borde de förstås förklara vad problemet består i, tillägger han.
Syriens informationsminister Omran al-Zoubi säger att det inte förekommer någon rysk upptrappning i landet och inga ryska militärstyrkor.