Handelsstopp infördes tillfälligt för flera tunga bankaktier på Milanobörsen, sedan aktierna i Intesa Sanpaolo och Unicredit fallit med 5 respektive 5,4 procent.
Merkel satte ned foten i frågan om statligt stöd till italienska banker i samband med ett toppmöte i Bryssel i onsdags.
Hon konstaterade att ett nytt regelverk med specifika regler för hur banker i kris ska hanteras finns på plats i EU:s bankunion och tillade:
– Vi kan inte hitta på nya regler varannat år.
Pressad sektor
Italiens bankaktier har pressats hårt i turbulensen efter den brittiska folkomröstningen om EU-medlemskapet och branschindex för banker är nu nere på den lägsta nivån sedan eurokrisens värsta dagar 2012.