Omröstningen kommer efter att regeringen och premiärministern Tihomir Oreskovic förlorat en förtroendeomröstning i parlamentet i förra veckan.
Konservativa partiet HDZ vann i höstas vad som sägs vara det jämnaste valet i landets historia, men partiet hann bara leda Kroatien i några månader innan korruptionsrykten tog fart och regeringen började anklagas för att vilja detaljstyra bland annat medier och utbildningsplaner.
Tihomir Oreskovic som nu får gå från posten som premiärminister är inte bunden till något parti utan valdes som en kompromiss mellan HDZ och det tredje största partiet Most, men den senaste tiden har det uppstått en spricka mellan HDZ och Oreskovic som bara har växt.
Kritik för språkkunskaper
HDZ har bland annat anklagat premiärministern för att ha missbrukat säkerhetstjänsten medan Oreskovic i sin tur menar att han tvingas gå för att han inte ville tillsätta personer valda av HDZ på viktiga positioner inom säkerhetstjänsten.
Oreskovic, som är uppvuxen i Kanada, har också fått kritik bland annat för sin ringa erfarenhet av politik och för att ha för dålig kunskaper i kroatiska för att kunna representera landet.
125 av parlamentets 142 medlemmar röstade i torsdags för att han skulle gå från sin post. Därmed föll också hela regeringen.
Ledaren för HDZ Tomislav Karamarko avgick från sin post som vice premiärminister dagen innan förtroendeomröstningen och slapp med det en egen förtroendeomröstning som det största oppositionspartiet, socialdemokratiska SDP, hotat med. Karamarkos hustru ska nämligen ha fått stora summor pengar från en lobbyist från ungerska oljebolaget MOL, som just nu är mitt i ett skiljeförfarande med Kroatiens regering över det gemensamt ägda oljebolaget INA.