Flygplatsen kontrolleras av en milisgrupp. Senaste veckan har flygplatsen attackerats minst två gånger.
”Flygattackerna av Mitiga-flygplatsen genomfördes av det nationella luftvapnet mot gruppen ”Libysk gryning” ”, skriver al-Thinni på regeringens officiella hemsida.
FN-chefen Ban Ki-Moon uppmanade alla grupper att omedelbart sluta strida och att hitta en lösning.
– Det enda sättet att lösa den nuvarande krisen är genom dialog, säger han.
Milisgruppen Libysk gryning tog kontrollen över huvudstaden i somras och har sedan dess utsett en egen regering samt tagit över myndighetsbyggnaderna i Tripoli. Även Benghazi och Misrata kontrolleras av milisgrupper.
Det valda parlamentet och al-Thinnis regering har tagit sin tillflykt i staden Tobruk i öster.