Hon fördömer i starka ordalag torsdagens ”skamlösa, inhumana attack på obeväpnade civila” som sökt skydd på basen i staden Bor.
FN-styrkan Unmiss sade att FN-soldaterna hade blivit inblandade i en eldstrid innan angriparna drog sig tillbaka.
Nära 5.000 civila har under en längre tid sökt skydd i den befästa basen för att undkomma striderna mellan regeringsstyrkor som är trogna president Salva Kiir och rebeller som är mer löst kopplade till förre vicepresidenten Riek Machar.
I Sydsudan har ungefär en miljon människor tvingats att fly från sina hem sedan mitten av december, när våldsamheterna bröt ut. Många hankar sig fram på ”svältföda” gräs, löv och liknande – uppger FN-organet Unicef, som varnar för att läget förvärras.