Kommentaren syftade på det uttalande som Donald Trump gjorde under presidentvalskampanjen, då han menade att USA borde ha tagit hand om Iraks oljeresurser efter att diktatorn Saddam Hussein avsatts.
Mattis, som är på sitt första Irak-besök som Pentagon-chef, bedyrade att amerikanerna alltid betalat för sin olja och kommer att göra så även i fortsättningen.
– Vi är inte här för att ta någons olja, sade Mattis enligt Reuters.
Mattis är i Irak för att följa den senaste utvecklingen i kampen mot IS och de iUSA-stödda irakiska truppernas avancemang för att återta Mosul från terrororganisationen.
Trumps tidigare utspel tillsammans med det temporära inreseförbudet kan dock bli ett hinder i kontakten med landet, och väntas stå i fokus under Mattis besök.