Angreppet på staden kom dagen efter det att Muhammadu Buhari svurits in som landets president. I sitt installationstal lovade han att trappa upp offensiven mot extremisterna.
Boende i en förort söder om staden berättar att de vaknade av ljuden av granater och vittnen berättar hur hundratals beväpnade islamister försökte avancera inåt staden. Men militären säger att man lyckats få stopp på attacken.
– Allt är under kontroll. Det finns ingen anledning till oro, säger en högt uppsatt säkerhetskälla.
Maiduguri, som normalt har två miljoner invånare, har blivit tillflyktsort för hundratusentals människor som tvingats lämna sina hem på grund av oroligheter i andra delar av delstaten Borno.