Gravarna upptäcktes relativt nära den plats där en massgrav med 28 hittills oidentifierade lik nyligen hittats. Hur många döda som finns i de nyupptäckta gravarna är okänt, enligt Mexikos justitieminister Jesús Murillo Karam.
Studenterna försvann i samband med protester i slutet av september. Sex personer dödades när bussarna de färdades i angreps av beväpnade män. Den lokala polisen tros ha skjutit mot bussarna när de jagade dem.
Efteråt har Mexikos federala polis avväpnat och ersatt hela poliskåren i Iguala, där såväl borgmästaren som hans hustru försvunnit.
Händelsen har lett till stora protester runt om i Mexiko. Men många befarar att eleverna, som gick på en lärarhögskola, dödats och att det är deras kroppar som finns i gravarna.