Hussain, som dömts för att 2004 ha mördat ett barn, var enligt sina advokater själv bara ett barn – 15 år – när brottet begicks. Hussain ska också ha pressats att erkänna under tortyr.
Shafqat Hussains avrättning har tidigare skjutits upp flera gånger, men enligt Karachifängelset där han hölls verkställdes hängningen strax före gryningen på tisdagsmorgonen.
Efter ett flera år långt uppehåll började Pakistan verkställa avrättningar i december förra året, efter terrordådet mot en skola i Peshawar som krävde runt 150 människors liv. Sedan dess har närmare 200 personer avrättats, genom hängning.