– Även om detta inte har varit året för ett hoppfullt och optimistisk budskap om vår framtid, är jag fortfarande hoppfull och optimistisk vad gäller Amerika, säger han till anhängare i Florida efter förlusten.
Hans beslut kom också efter dåliga resultat förra veckan i Michigan och Mississippi där han enbart fick ensiffrigt stöd.
– Även om det inte är Guds plan att jag ska bli president 2016, eller kanske någonsin, och även om min kampanj i dag avslutas, så är det faktum att jag kommit så här långt ett bevis på hur speciellt USA verkligen är, säger han.
En av hans tidigare konkurrenter, John Kasich, skriver på Twitter att Rubio ”kommer att fortsätta att vara en stark röst när det gäller framtiden för vårt republikanska parti”.
Även Donald Trump, som gått hårt åt Rubio tidigare under kampanjen, gratulerade honom.
– Jag vill gratulera Rubio för hans presidentkampanj. Han är tuff och smart och har en stor framtid framför sig, sade Trump i ett tal i Florida.