Fjorton barn befann sig ombord på båten när olyckan inträffade på onsdagen. Ingen av dem bar flytväst.
-Vi kunde rädda åtta av passagerarna. Sex som saknades har hittats. Tyvärr överlevde ingen av dem, säger Yinka Marinho, chef för Lagos sjöfartsmyndighet.
Den andra båtens förare greps av polis efter olyckan.