Demonstranterna försökte förhindra ett massmöte för den fackliga paraplyorganisationen Cosatu, eftersom de är missnöjda med hur de representerat arbetarnas intressen.
Månader av strejker har slagit hårt mot produktionen, vilket väckt frågor kring landets avstannande ekonomiska tillväxt och hur president Jacob Zuma hanterat den mest infekterade arbetskonflikten sedan apartheidtiden.
I fredags gick platinabolaget Amplats med på att återanställa 12 000 arbetare som fått sparken.
Strejker som började vid platinagruvorna och spreds vidare till guld-, krom-, kol- och järnmalmsproduktionen har slagit hårt mot gruvoperatörer som redan kämpar med stigande kostnader, rapporterar Bloomberg Businessweek.
Vill förbättra levnadsförållandena
Strejkerna har minskat Sydafrikas gruvproduktion med nästan 10,1 miljarder rand, motsvarande 7,8 miljarder kronor, enligt tidningen Mail & Guardian vilket också lett till minskade skatteintäkter och exporter, samt färre arbeten, uppgav landets finansdepartement i veckan.
Staten ska nu satsa på att förbättra levnadsförhållandena för gruvarbetare och uppgradera informella bosättningar i gruvsamhällen som Rustenburg, där Marikanagruvan ligger.
Rustenburg är den snabbast växande staden på den afrikanska kontinenten, enligt tidningen. Bristande sociala tjänster och hög arbetslöshet i gruvområden har resulterat i dåliga levnadsförhållanden och missnöjda samhällen. Pengar har också öronmärkts för att genomföra ändringar i arbetsrätten.
Sydafrikansk lag är strikt när det gäller strejker och den som inte har tillbörliga tillstånd riskerar sparken under en strejk, vilket drabbat tusentals gruvarbetare i år.