Mannen, som var i 30-åldern, avled enligt lokalaradion i Miid-Pyrénées på ett sjukhus i Cahiers.
Räddningsarbetare gav honom hjärtmassage men svensken konstaterades död vid ankomsten till sjukhuset i Cahors, enligt nyhetsbyrån AFP.
Han ingick i en grupp på fyra erfarna grottfantaster som gjorde en utflykt för att undersöka håligheter i landskapet, skriver lokala medier. Han ska ha varit på väg ned i en grotta när han fångades av forsande vatten.
Landskapet uppges vara väl känt av specialister.
Svenska utrikesdepartementet hade på måndagskvällen inte fått några uppgifter om olyckan.